Początki kobiecej koszykówki w Gorzowie Wlkp. sięgają roku 1957. Wówczas drużyna koszykówki kobiet była częścią ZKS-u Stilon Gorzów. Początki nie należały do najłatwiejszych. Stilon wygrał rozgrywki klasy A w roku 1961, ale już w roku 1963 – po ponownym spadku do klasy A – zawieszono działalność sekcji koszykówki kobiet.
Reaktywacja, nadal pod szyldem Stilonu, miała miejsce dopiero w roku 1984. W pierwszym sezonie po powrocie drużyna zajęła 10. miejsce w II lidze. Z każdymi rozgrywkami było coraz lepiej – miejsca 6., 5., 3. i w końcu triumf w grupie, który zapewnił awans do I ligi. Pierwszy rok w najwyższej klasie rozgrywkowej przypadł na sezon 1989/1990. W kolejnych latach ZKS Stilon bił się o utrzymanie lub plasował w środku tabeli. Po sezonie 1997/1998 ponownie zlikwidowano sekcję kobiecej koszykówki w ramach Stilonu. Wiązało się to z zahamowaniem rozwoju kobiecej koszykówki w Gorzowie Wielkopolskim. Dyscyplina jednak nie upadła.
Końcówka XX i początek XXI wieku to era Gorzowskiego Towarzystwa Koszykówki, który zajął się szkoleniem zawodniczek. Klub we współpracy ze Szkołą Podstawową nr 13 zajął się kształceniem młodzieży, a to pomogło przetrwać koszykówce do roku 2001. Wówczas rozpoczęły się najlepsze lata dla żeńskiego basketu, a drużyna AZS PWSZ Gorzów Wielkopolski skutecznie połączyła prowadzone już szkolenie z rozwojem seniorskiej drużyny.
W pierwszym sezonie, po kolejnej reaktywacji, AZS zajął 5. miejsce na zapleczu Ekstraklasy. W kolejnych rozgrywkach ten wynik został powtórzony, a w sezonie 2003/2004 udało się wywalczyć awans do najwyższej klasy rozgrywkowej. Od tego czasu „Akademiczki” nieprzerwanie grają w kobiecej Ekstraklasie.
Dość szybko w Gorzowie udało się zbudować silny zespół. O ile rozgrywki 2004/2005 dały 8. miejsce na koniec sezonu, o tyle w kolejnych latach drużyna stale pięła się w górę. Pierwszy medal dla AZS AJP Gorzów Wielkopolski to sezon 2007/2008. Po „brązowym” sezonie cele były jeszcze większe. Kolejne dwie kampanie przyniosły dwa „srebra” do klubowej gabloty. Sezon 2010/2011 to znów „brąz”. Następnie AZS nieco spuścił z tonu. Przez kilka lat drużyna plasowała się w środku tabeli – by jednak znów wrócić na podium. Sezon 2018/2019 zakończono ze „srebrem” a w kolejnych rozgrywkach – zakończonych po 21. kolejce – zawodniczki AZS-u wywalczyły „brąz”.
Najnowsza historia klubu, czyli już jako AZS, to również sukcesy na arenie międzynarodowej. AZS AJP Gorzów Wielkopolski dwukrotnie awansował do TOP 16 rozgrywek Pucharu Europy FIBA. Było to w sezonach 2007/2008 oraz 2018/2019.